Fils d’Yves Bernier et de Michelle Treuillet, de la paroisse Saint-Germain l’Auxerrois de Paris (75), il épouse à Québec, le dimanche 23 juillet 1656, Antoinette Grenier, fille de Claude Grenier et de Catherine ..., de la paroisse Saint-Laurent de la ville de Paris (75). De leur union naissent onze enfants.
Il s’établit à l’Ile d’Orléans où le 7 novembre 1657, il loue pour quatre ans, à 25 livres par année, la terre d’Éléonore de Grandmaison épouse de Jacques Gourdeau de Beaulieu. Le 19 mars 1659, celui-ci lui concède une terre de deux arpents de front dans son fief de la pointe sud-ouest de l’Ile d’Orléans, qui est augmentée d’un arpent le 6 novembre 1661. Tout en cultivant sa terre, il continue d’exploiter celle d’Éléonore de Grandmaison. Elle la lui loue de nouveau pour quatre années, le 20 août 1662, moyennant cinquante minots de blé et trente minots de pois par année. Le 15 février 1664, Nicolas Juchereau de Laferté lui concède, à son tour, une terre de deux arpents de front à l’Ile d’Orléans dans son fief de La Chevallerie. Au recensement de 1667, toujours fermier du sieur de Beaulieu et d’Éléonore de Grandmaison, il déclare posséder huit bêtes à cornes et vingt-cinq arpents de terre en valeur. Trois engagés, Gilles Gautreau, Pierre Neveu et Guillaume Laferté l’aident à exploiter ce domaine.
Non content de travailler sur la terre du sieur de Beaulieu et la sienne, il loue pour cinq ans la terre de Marguerite De Chavigny, le 5 octobre 1667 et, le même jour, achète au prix de 40 livres une terre de deux arpents de front appartenant à André Métayer, au fief de la Grossardière. Un mois plus tard, il fait l’acquisition de la terre de Clément Ruel qu’il paie 30 livres, mais il la lui rétrocède le 9 février 1670. Ses affaires vont bien à l’Ile d’Orléans, car il passe un marché de vente de charbon avec Pierre Normand, le 21 novembre 1672. Mais il quitte cet endroit, quand le 5 février 1673, Geneviève de Chavigny lui concède une terre de neuf arpents de front par quarante arpents de profondeur dans sa seigneurie de Vincelotte au Cap Saint-Ignace. Un mois plus tard, il vend sa terre du fief Gourdeau de Beaulieu à l’Ile d’Orléans, à Jean Leclerc qui, en retour, s’engage à lui construire une maison et une grange sur sa nouvelle terre de Cap Saint-Ignace. il se départit des deux autres terres reçues en concession du sieur de Beaulieu en les vendant, le 28 avril 1674, au prix de 100 livres à Gabriel Gosselin. En octobre 1674, Guillaume Lelièvre lui achète pour 135 livres sa terre, sa maison et sa grange de l’Ile d’Orléans. il remet ensuite à Éléonore de Grandmaison la dernière terre qu’il possède encore à cet endroit.
Ayant ainsi liquidé tous ses avoirs de l’Ile d’Orléans, il ne se préoccupe désormais que du développement de sa terre de Cap Saint-Ignace. il a acquis une terre à Rivière-Ouelle et la vend à Jacques Miville Deschênes pour la somme de 40 livres, le premier septembre 1677. Le 30 août précédent, il avait acheté de Pierre de Rainville, habitant de Beauport, au prix de 120 livres, un bateau dont il se sert pour divers transports. il est appelé le 18 février 1679, à réaliser l’inventaire des biens de feu Michel Isabel. Le 11 novembre 1680, il doit au marchand Jean Le Picard, 151 livres et 18 sols pour des marchandises qu’il lui a vendues. Au recensement de 1681, il possède huit bêtes à cornes, et dix arpents de sa terre sont en valeur. C’est à cette époque qu’il a un différend avec Guillaume Fournier sur la terre duquel il a bûché du bois par mégarde. il verse 40 livres en guise de réparation. Le 15 octobre 1683, il achète de ce même Guillaume Fournier pour la somme de 260 livres, le fief de Saint-Joseph de la Pointe-aux-Foins. Ce fief mesure trente arpents de front sur deux lieues de profondeur et fait de lui un seigneur.
Il prend quelques années à se décider à le développer et le concède presque entièrement à ses enfants. Le 21 juin 1691, il y concède dix arpents de front à son fils Pierre. Le 15 octobre 1695, il cède en tout dix-sept arpents de front à ses autres fils, Charles, Jean Baptiste et Philippe. Le 20 mars 1697, il achète de Jean Baptiste Malbeuf une terre de six arpents de front avec une cabane et un hangar au fief Vincelotte de Cap Saint-Ignace où il habite toujours. C’est à cet endroit qu’il décède et est inhumé le 21 juillet 1713. Son épouse était décédée le 18 février précédent.

Jacques Bernier est aussi l’ancêtre direct du Capitaine J.E. Bernier (1852-1934) et du Pilote du Saint-Laurent Paul Devillers né en 1924.