Fils de Denis Cloutier et de Renée Brière, de Saint-Jean de-Mortagne au Perche, il épouse à Saint-Jean de Mortagne, le lundi 18 juillet 1616, Sainte Dupont, veuve de Michel Lermusier, de la paroisse de Feings. De leur union naissent six enfants, dont cinq les accompagnent à Beauport en 1634.
On le compte parmi les tout premiers ancêtres à venir en Nouvelle-France. Le 2 mars 1633, dEvant Mathurin Roussel, notaire à Mortagne, il sert d’arbitre entre son père, Denis Cloutier, et un de ses frères, Jacques Cloutier, qui s’apprêtent à entrer en procès pour une question d’héritage. Cet acte fait également mention de sa mère décédée le premier mai 1608. Son père avait épousé en deuxièmes noces, le 3 novembre 1608, à Notre-Dame-de-Mortagne, Jeanne Rahir (Gauthier). il décède à Mortagne le 11 décembre 1634. À cette date, il y a cinq mois que Zacharie est en Nouvelle-France. C’est à l’instigation de Robert Giffard que, le 14 mars 1634, il s’engage par contrat dEvant le notaire Mathurin Roussel de Mortagne à venir travailler pour une période de cinq ans pour le sieur Giffard dans sa seigneurie de Beauport. il a l’intention par la suite, de se fixer au pays et, dans ce but, au terme de son engagement, Robert Giffard promet de lui concéder une terre de mille arpents en superficie et de lui faire construire une maison. C’est ainsi qu’en avril 1634, il quitte Mortagne avec son épouse et ses enfants pour se rendre à Dieppe s’embarquer sur un navire qui les conduit à Québec où ils parviennent le 4 juin suivant.
Sa première préoccupation est de se loger. Comme il exerce le métier de charpentier et, selon les clauses de son contrat, il construit pour sa famille et celle de Jean Guyon < une maison de charpente mesurant trente-cinq pieds de longueur sur seize pieds de largeur et six pieds de hauteur sous poutres. > Après trois ans de travail pour le seigneur Giffard, comme spécifié au contrat d’engagement, il reçoit le 10 décembre 1637, les mille arpents de terre promis. Le mardi 23 juillet 1641, pour la somme de 600 livres, il s’engage envers les religieuses Hospitalières à < leur faire bien et deument au dire douvriers et gens a ce cognoissans Ung Comble de charpenterie sur la moistyé du bastiment qui est commencé. > En janvier 1643, le 26, c’est envers les Messieurs de la Compagnie de la Nouvelle-France représentés par Antoine Tabouret dit Saint-Amour, qu’il s’engage à employer < trente six jours de cinq hommes, au travail de pièces de bois > moyennant 9 sols et 6 deniers pour chaque toise de bois de six pieds. il devra commencer ce travail le deux février suivant. En compagnie de Noël Langlois, le 24 février 1643, il promet aux Messieurs de la Compagnie, de < leur fournir deux cens de bonnes planches de dix pieds de long et de dix poulces de hauteur et de pouce franc scier >, le tout pour un poinçon de farine à partager entre les deux. Le 23 janvier 1643, après une chicane d’interprétation d’un terme de son contrat d’engagement, il accepte de procéder au dépôt final de prise de possession de son fief de la Clousterie à Beauport. en 1645, il engage pour cinq ans à son service, à 40 livres de salaire par année, le jeune Nicolas Giffard.
Le 4 avril 1650, il s’engage à construire, pour Mathieu Huboust dit des Longchamps, une charpente de maison de vingt-cinq pieds de long sur dix-huit pieds de large, pour la somme de 450 livres. Huboust qui est maître armurier promet en plus de lui réparer un pistolet et trois fusils. Au nom de ses petits-enfants, issus du mariage de Robert Drouin et de feue Anne Cloutier, le 23 juillet 1650, il loue à Michel Blanot la terre qui leur appartient à Château-Richer et réserve pour eux la moitié des récoltes. Le gouverneur Dailleboust lui concède un emplacement de vingt-quatre pieds de front par quarante pieds de profondeur à la Basse-Ville de Québec, rue du Sault-au-Matelot, le 3 octobre 1651. Le 19 mars 1656, il concède à Michel Lhomme une terre dans son fief de la Clousterie. Cependant, ce dernier la lui rétrocède le 27 février 1663. Au recensement de 1667, il possède deux bêtes à cornes. Le 19 janvier 1668, il passe un accord avec ses enfants, par lequel il cède son fief de La Clousterie après son décès à son fils aîné Zacharie qui ne devra pas avoir part ensuite au partage du reste des biens. Le 12 mai 1669, il se donne avec son épouse à son fils Zacharie qui, en retour, promet de les loger et de les nourrir jusqu’à leur décès. Toutefois, le 20 décembre 1670, il vend son fief de La Clousterie à Nicolas Dupont pour la somme de 4500 livres tournois. Ce dernier est fidèle à payer car, le 16 octobre 1674, il lui donne quittance de 2100 livres et, le 12 octobre 1676, quittance finale. il décède à Château-Richer le 17 septembre 1677.